项目执行阶段是企业关心的阶段，也是企业与工业三维动画制作公司合作的重点所在，所以，在这一阶段的沟通是尤为重要的。项目启动后，三维动画制作公司会根据企业提供的产品照片建立模型，并制作单帧动画供企业确认。
接着是按照故事版制作三维场景的“Layout”，翻译成中文大概就是布局、规划。这里能更准确的体现出场景布局跟任务之间的位置关系。场景不需要灯光、材质、特效等很详细的东西，但可以让企业看得到准确的镜头走位、长度、切换和角色的基本姿势等信息。
企业确认无误后，三维动画公司对动画进行渲染合成及配音，之后制成成片。制作成片后供企业修改。
修改一般包括对颜色、大小等细节的调整，基本不会做大修改。如果企业在前期确认时对一些问题没有及时的指出，三维动画公司需要将需要修改的部分重新制作、渲染，项目周期就会相应的延长。
三维动画不同于其他的视频表现形式，动画全部由单帧图片组成，一秒钟大约需要25张图片，所以修改起来十分复杂。尤其是当动画已经渲染完成后，需要对动画进行较大改动时，就需要对单帧图片进行修改甚至重新制作，企业为此付出额外费用的情况也曾经出现过。
企业对样片修改以后就可以进入项目验收环节了。三维动画制作的流程一般为：脚本确认、分镜制作、前期环节、模型制作、材质确认、前期配音、LAYOUT、动画环节、灯光渲染、特效合成和后期配音。